鄂尔多斯市蒙医医院始建于1979年，是一所集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的国家三级甲等蒙医综合医院。医院设为一院三部，分别设在康巴什和东胜。医院设有27个临床科室、9个医技科室，并有独立的蒙药实验室和蒙药制剂中心。拥有3.0T核磁、64排螺旋CT、全自动生化免疫一体机等先进诊疗设备，能够满足广大患者的就医需求。有国家级重点专科建设项目1个（传统疗术科），自治区重点专科建设项目4个（传统疗术科、皮肤科、心身医学科、康复科），市级重点专科建设项目4个（皮肤科、脑病科、康复科、内儿科、妇科）。自治区重点学科建设项目3个（传统疗术科、蒙医皮肤病科、蒙药学）。在临床治疗方面，鄂尔多斯市蒙医医院以蒙医治疗为基础，采用能蒙不西、先蒙后西、蒙西医结合的方式，并配合蒙医传统疗术治疗各类慢性病及疑难杂症。

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