鄂尔多斯市蒙医医院始建于1979年，是一所集蒙医医疗、科研、教学、蒙药制剂为一体的国家三级甲等蒙医综合医院。医院设为一院三部，总建筑面积63112平方米，设置床位480张，有独立的蒙药实验室和蒙药制剂中心,拥有64排螺旋CT、3.0T核磁共振、全自动生化免疫一体机等先进诊疗设备，能够满足广大患者的就医需求。国家级重点专科建设项目1个（传统疗术科），自治区蒙医重点专科建设项目5个（传统疗术科、皮肤科、心身医学科、康复科、消化病科），市级重点专科建设项目7个（传统疗术科、皮肤科、脑病科、康复科、内儿科、妇科、骨伤科）。自治区重点学科1个（茶酒疗法），自治区重点学科建设项目3个（传统疗术学、蒙医皮肤病学、蒙药学）。